可以。纸碗不在微波炉适用禁忌内。
微波炉适用禁忌：
忌用平常塑料：热的食物会使塑料器皿变形，一般而言塑料会放出有毒物质，水污染食物，有害人体身心健康。
忌用金属容器：因为放入炉内的铁、铝、不锈钢、搪瓷等容器，微波炉在加热时会与之产生电火花并反射微波，既挫伤炉体又不能加热食物。
忌采用封闭器皿：加热液体时应用到广口器皿，因为在封闭器皿内食物加热产生的热能不容易散发，使器皿内压力过高，易引起爆破事故。
还是分状况吧，有些看起来就比起劣质的纸碗应当不可以，内层的塑料不一定能耐高温，但是只用玉米秸秆做的那种纸碗是没问题的。
据我所知，微波炉里尽可能不用用纸碗加热东西
因为，纸碗大都不耐高温，微波炉加热速度极快，掌控不好，会使温度过高，纸碗变软，易于烫伤。过高，还会烧着。纸碗在高温下，还会和食品互为渗透，不免有不利于身心健康的物质渗入食品。比较好使用，陶瓷碗或微波**器皿加热食品，一些耐高温的玻璃器皿也可以。